Для этого у свойств нужно задать индекс сортировки.

А у компонента фильтра задать параметр SORT = Y и указать направление сортировки через параметр SORT_ORDER (ASC – по возрастанию индекса сортировки, DESC – по убыванию).

Индексы сортировки для полей фильтра (Подразделы, Склады, Количество, Наличие) задаются в настройках компонента.

Индекс сортировки для цен задается в настройках типа цены (/bitrix/admin/cat_group_admin.php?lang=ru).