Для каждого свойства можно задать сортировку значений. Для этого нужно включить вывод дополнительных настроек для фильтра. Зайдите в настройки модуля и выберите нужный инфоблок(и) в списке "Выберите инфоблоки, для свойств которых будут выводится дополнительные настройки для фильтра"

После этого, нужно зайти в настройки свойства инфоблока и задать сортировку: